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viernes, 12 de marzo de 2010
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CLUSTER HPC

 

Cluster de Supercomputacion, HPC. Servidores multiprocesador y FPGAs. Redes baja latencia 10 Gigabit, Infiniband, Myrinet.

Lista de servidores para cluster. Consultanos para una configuracion personalizada.

Cluster Supercomputacion:

En el entorno de Supercomputación, todas la maquinas (denominadas nodos), trabajan como una sola, realizando el calculo entre todos. Es un modelo muy utilizado en centros de calculo cientifico de alto rendimiento y universidades. Es un tipo de cluster flexible, se pueden mezclar tipos de nodos C2D, Dual Xeon, AMD Opteron , Itanium 2, monoprocesadores, multiprocesadores...
En este tipos de clusters, existen diferentes distribuciones y modulos, como:
Beowulf (PVM, MPI), Openmosix...
Normalmente, la comunicación entre nodos se realiza por Gbit Ethernet, pero hay veces que se necesitan mas prestaciones y se recurre a redes de baja latencia, del tipo de Myrinet, SCI, o las nuevas redes basadas en PCI-Express Infiniband. Destacar de las redes Infiniband, que disponen de las mejores latencias, y un ancho de banda de hasta 120GB/s.

  Infiniband SDR Infiniband DDR Infiniband QDR Nuevo Infiniband QDR
4X 10 GB/s 20 GB/s 40 GB/s
12X 30 GB/s 60 GB/s 120GB/s

Estas son las transferencias Maximas teoricas, las reales son un 20% menores debido al encoding 8b/10b.

Entregamos la solucion completa llave en mano, con todos los componentes que sean necesarios, armario Rack especial que garantiza la refrigeracion, KVM analogico y/o digital, conectividad, pantalla teclado y raton en 1U, y todo ello estructurado de tal manera que la administracion del sistema y agregar o sustituir componentes se haga de una manera rapida, facil y comoda.

Imagen de un Cluster de Supercomputacion con Infiniband procesadores xeon y FPGAs

Aspectos Tecnicos del Hardware:

Armario:
El armario Rack es una parte fundamental a la hora de dimensionar un cluster. Influye directamente en aspectos como la refrigeracion, la accesibilidad, y la optimizacion del espacio.
La refrigeracion afecta directamente al proceso de calculo, y un exceso de temperatura provoca perdida de rendimiento, de echo en la actualidad la mayoria de los procesadores bajan la velocidad del microprocesador cuando detectan exceso de temperatua. Ademas una refrigeracion adecuada alarga la vida de los componentes mas alla de la garantia, lo que disminuye el coste del mantenimiento del Cluster.

Servidores:
Se busca la mejor relacion rendimiento/ precio, cuidando aspectos como la densidad y el consumo electrico. Estos 2 ultimos aspectos son fundamentales sobretodo si alojamos el cluster en un centro de proceso de datos, ya que nos van a cobrar por huella y consumo electrico.
Para la eleccion del servidor, disponemos de servidores con microprocesadores Intel y AMD. En todos los casos buscamos la plataforma que da mas prestaciones para la aplicacion del cliente, y en funcion de los acuerdos a los que se lleguen podemos incluso hacer una demo para comprobar prestaciones y tener plena certeza de que la plataforma elegida es la mas adecuada.
Actualmente las opciones mas buscadas son:
- Servdores 1U Dual Xeon

Tambien ofrecemos la posibilidad de montar clusters con FPGAs in Socket ó con tarjetas PCI-E x8. Actualmente trabajamos con los principales fabricantes a nivel mundial como Xtremedata, Gidel y Phoenics Electronics. Estos fabricantes trabajan con los chipsets mas avanzados del mercado como el Stratix IV de Altera y el Virtex-5 de Xilinx.

Almacenamiento:
Estos sistemas suelen tener un sistemas de almacenamiento compartido. Ademas de los sistemas de almacenamiento RAID tradicionales como los sistemas SAN o NAS, SAN IP (iSCSI), disponemos de soluciones de almacenamiento paralelizado orientado a objetos orientado a clusters de Supercomputacion orientado a objetos del fabricante Panasas.
Este almacenamiento se caracteriza por tener multiples controladoras trabajando en paralelo para conseguir hasta 600MB/s de tasa de transferencia en sostenido por puertos 10GbE.

Hay que destacar que con las redes de baja latencia y un sistema de almacenamiento cluster de Panasas se pueden conseguir mejoras del rendimiento hasta en 37 veces trabajando en aplicaciones como Fluent.

Redes de baja latencia:

Como sistema alternativo al tradicional Gigabit Ethernet, existe la posibilidad de utilizar redes de baja latencia, que incrementan espectacularmente las prestaciones a partir de un numero de nodos. En la actualidad la comunicacion Gigabit ethernet es un cuello de botella para el calculo en paralelo cuando incrementamos el numero de nodos, es por ello que llega un momento que sale mas rentable implementar un sistema de comunicacion de baja latencia, que incrementar el numero de nodos.

En la actualidad ofrecemos 2 redes de baja altencia diferentes. Infiniband y Myrinet. La primera obtiene las mejores prestaciones de la actualidad, mientras que la segunda ofrece mayor compatibilidad.

Infiniband con Mellanox:

El proveedor lider de soluciones con tecnologia Infiniband, ofrece diversas HCAs, dependiendo del slot de conexion, la memoria de la tarjeta, y las prestaciones puesto que existe version SDR, DDR y QDR de hasta 40GB/s.


- MHES18-XTC: InfiniHost III Lx, Single Port 4X InfiniBand / PCI-Express x8, Low Profile HCA Card, Memory Free, RoHS (R5) Compliant.

- MHGS18-XTC: InfiniHost III Lx, Single Port 4X InfiniBand Double Data Rate / PCI-Express x8, Low Profile HCA Card, Memory Free, RoHS (R5) Compliant, tall bracket, (Cheetah DDR)

- MHEH28-XTC: ConnectX™ IB HCA Card, Dual Port 10Gb/s InfiniBand, PCIe 2.0 x8 2.5GT/s, MemFree, tall bracket, RoHS (R5) Compliant, (Eagle SDR)

- MHGH28-XTC: ConnectX™ IB HCA Card, Dual Port 20Gb/s InfiniBand, PCIe 2.0 x8 2.5GT/s, MemFree, tall bracket, RoHS (R5) Compliant, (Eagle DDR)

- MHGH18-XTC: ConnectX™ IB HCA Card, Single Port 20Gb/s InfiniBand, PCIe 2.0 x8 2.5GT/s, MemFree, tall bracket, RoHS (R5) Compliant, (Eagle 1-Port DDR)

- MHGH29-XTC: ConnectX™ IB HCA Card, Dual Port 20Gb/s InfiniBand, wth PCIe Gen2, PCIe 2.0 x8 5.0GT/s, MemFree, tall bracket, RoHS (R5) Compliant, (Gen2 Eagle DDR)

- MHGH19-XTC: ConnectX™ IB HCA Card, Single Port 20Gb/s InfiniBand, wth PCIe Gen2, PCIe 2.0 x8 5.0GT/s, MemFree, tall bracket, RoHS (R5) Compliant, (Gen2 Eagle DDR, 1-Port)

- MHJH29-XTC: ConnectX™ IB HCA Card, Dual Port 40Gb/s InfiniBand, PCIe 2.0 x8 5.0GT/s, MemFree, tall bracket, RoHS (R5) Compliant, (Gen2 Eagle QDR)

- MHJH19-XTC: ConnectX™ IB HCA Card, Single Port 40Gb/s InfiniBand, PCIe 2.0 x8 5.0GT/s, MemFree, tall bracket, RoHS (R5) Compliant, (Gen2 Eagle QDR, 1-Port)

- MHRH29-XTC: ConnectX™ IB HCA card, Single-Port, 20Gb/s InfiniBand, QSFP, PCIe2.0 x8 5.0GT/s, mem-free, tall bracket, RoHS R5 Compliant (Falcon DDR)

- MHRH19-XTC: ConnectX™ IB HCA card, Single-Port, 20Gb/s InfiniBand, QSFP, PCIe2.0 x8 5.0GT/s, mem-free, tall bracket, RoHS R5 Compliant (Falcon DDR, 1-Port)

- MHQH29-XTC: ConnectX™ IB HCA card, Dual-Port, 40Gb/s InfiniBand, QSFP, PCIe2.0 x8 5.0GT/s, mem-free, tall bracket, RoHS R5 Compliant (Falcon QDR)

- MHQH19-XTC: ConnectX™ IB HCA card, Single-Port, 40Gb/s InfiniBand, QSFP, PCIe2.0 x8 5.0GT/s, mem-free, tall bracket, RoHS R5 Compliant (Falcon QDR, 1-Port)

- MNEH28-XTC: ConnectX™ EN, Ethernet Network Interface Card, Dual Port 10GBASE-CX4, PCIe 2.0 x8 2.5GT/s, MemFree, tall bracket, RoHS R5 Compliant (Eagle EN)

- MNEH18-XTC: ConnectX™ EN, Ethernet Network Interface Card, Single Port 10GBASE-CX4, PCIe 2.0 x8 2.5GT/s, MemFree, tall bracket, RoHS R5 Compliant (Eagle EN, 1-Port)

- MNEH29-XTC: ConnectX™ EN, Ethernet Network Interface Card, Dual Port 10GBASE-CX4, with PCI Gen2, PCIe 2.0 x8 5GT/s, MemFree, tall bracket, RoHS R5 Compliant (Eagle EN Gen2)

- MNPH28B-XTC: ConnectX™ EN network interface card, dual-port, 10GigE, PCIe2.0 x8 2.5GT/s, mem-free, tall bracket, RoHS R5 (Hawk2) (Please note: The MNPH28B-XTC does not include Optical Modules)

- MNPH18B-XTC: ConnectX™ EN network interface card, single-port, 10GigE, PCIe2.0 x8 2.5GT/s, mem-free, tall bracket, RoHS R5 (Hawk2, 1-Port) (Please note: The MNPH18B-XTC does not include Optical Modules)

- MNPH29B-XTC: ConnectX™ EN network interface card, dual-port, 10GigE, PCIe2.0 x8 2.5GT/s, mem-free, tall bracket, RoHS R5 (Hawk2) (Please note: The MNPH29B-XTC does not include Optical Modules)

- MFM1T02A-SR: Optical Modules for MNPH28B-XTC or MNPH29B-XTC

- MFM1T02A-LR: LR Optical Modules for MNPH28B-XTC or MNPH29B-XTC

- MNTH18-XTC: ConnectX™ EN network interface card, single-port, 10GBASE-T, PCIe2.0 x8 2.5GT/s, mem-free, tall bracket, RoHS R5 (Raven)

Tarjeta Infiniband de Mellanox SDR, DDR y QDR

Mellanox InfiniScale IV Switch
Ademas dispone de switches desde 24 puertos en 1U, o switches modulares sin cuello de botella hasta 324 Puertos DDR.

MTS3600R-1UNC: InfiniScale IV DDR InfiniBand Switch Product Development Platform, 36 QSFP ports, 1 power supply,
unmanaged, RoHS R5

MTS3600Q-1UNC: InfiniScale IV QDR InfiniBand Switch Product Development Platform, 36 QSFP ports, 1 power
Supply unmanaged, RoHS R5

 

Cluster con Myrinet:
En algunos cluster, para optimizar rendimiento, se utilizan redes de altas prestaciones para la comunicacion entre los nodos. En este caso, Myrinet, es un sistema de de comunicacion, que disponen de un microprocesador incorporado en cada HBA que se encarga de las comunicaciones, lo que libera de trabajo a la cpu del servidor. Estas redes, estan especialmente indicadas cuando el costo por nodo es alto, y el coste de una red Myrinet es un porcentaje pequeño del costo de un nodo ( Ej. Cluster con Xeon, Opteron , Itanium 2).

Para estas redes, se utilizan chasis modulares, en los que se insertan tarjetas de 8 puertos. El ultimo slot del chasis, esta reservada para una tarjeta de monitorizacion.

 

Lista basica de componentes Myrinet 2000.

Host Interfaces:
- M3F-PCIXD-2: Tarjeta Myrinet 64Bits PCI-X low profile, de 1 puerto.
- M3F2-PCIXE-2: Tarjeta Myrinet 64Bits PCI-X low profile, de 2 puertos
- M3F-PCIXF-2: Tarjeta Myrinet 64Bits PCI-X low profile, de 1 puerto, de baja latencia. (2.6µs)


Elementos necesarios para un cluster de 128 nodos.
Un Switch M3-E128, con 16 tarjetas M3-SW16-8F, mas el modulo de monitorizacion M3-M. En caso de no necesitar tantos nodos, se sustituyen los modulos de 8 Puertos, por modulos blancos M3-BLANK.

Switches Myrinet-2000
- M3F-SW8. Switch de 8 puertos
- M3F-SW16. Switch de 16 puertos
Switches Modulares Myrinet-2000
- M3-E16 Switch de hasta 16 puertos+monitorizacion, y 2U de altura.
- M3-E32 Switch de hasta 32 puertos+monitorizacion, y 3U de altura.
- M3-E64 Switch de hasta 64 puertos+monitorizacion, y 5U de altura.
- M3-E128 Switch de hasta 128 puertos+monitorizacion, y 9U de altura.
- M3-CLOS-ENCL Switch modular de 14U, para redes de 256 nodos.
- M3-SPINE-ENCL Switch modular de 14U, hasta 10 modulos switch con conexion Quad Fibre Channel de 32 puertos cada uno.

Otros elementos
- M3-SW16-8F Modulos de 8 puertos para los switches modulares.
- M3-M Modulos de monitorizacion para los switches modulares.
- M3-BLANK Modulos terminador para los switches modulares.
- M3-SW32-16F Modulo de 16 puertos para el chasis M3-CLOS-ENCL
- M3-4SW32-16Q Modulo de 16 puertos conconexion Quad Fibre Channel para el chasis M3-SPINE-ENCL.

 

 

Gestion:
Contamos con distintos elementos que facilitan la gestion de este tipo de instalacion. Si bien se pueden gestionar mediante SSH, facilita mucho la labor la inclusion de un tecldo monitor y raton plegable, que ocupa solo 1U dentro del rack.
Ademas disponemos de sistemas KVM para monitorizar todos los nodos compartiendo monitor teclado y raton, e incluso con acceso por IP con multiples usuarios.

Lista de servidores para cluster. Consultanos para una configuracion personalizada. info@flytech.es

 

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